Em meados do século XVII, registra-se a existência, junto à foz do Rio Solimões, de uma aldeia fundada pelos jesuítas. Próximo ao local são estabelecidos em 1766 um posto militar e um posto fiscal, tendo em vista tratar-se de região fronteiriça à Colômbia e ao Peru. O responsável pelo estabelecimento do posto militar na região foi Fernando da Costa Ataíde Teive, que formou também um posto de guarda de fronteiras entre domínios do Reino de Portugal e da Espanha, além de outros postos militares. Formou-se então, a partir daí, a povoação de São Francisco Xavier de Tabatinga.
Entre todas as três povoações de fronteira de maior expressão (São Francisco Xavier de Tabatinga, Vila Ipiranga e Vila Bittencourt) apenas a primeira prosperou ativamente. Em 1866, no dia 28 de junho, o marco dos limites entre Brasil e Peru foi fixado perto da povoação. Até então, a região era pertencente ao município de São Paulo de Olivença, sendo pouquíssimos municípios de fato criados até a data. Em 1898, com o desmembramento do território de São
Paulo de Olivença e emancipação do distrito de Benjamin Constant, o povoado de Tabatinga passa a pertencer ao recém-criado município, incluindo-se neste como um dos subdistritos do distrito-sede.
Em 4 de junho de 1968, pela Lei Federal 5.449, todo o município de Benjamin Constant foi classificado como Área de Segurança Nacional. Por um longo período, Tabatinga foi um subdistrito de Benjamin Constant. A emancipação política de Tabatinga deu-se apenas em 10 de dezembro de 1981, pela Emenda Constitucional do Amazonas nº 12, que passou a determinar o subdistrito de Tabatinga um município autônomo. A instalação do município ocorreu em 1 de janeiro de 1983.
